Bottom-Up蛋白质组学通过将复杂蛋白质样本酶解成肽段，再借助液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）进行分析，以实现蛋白质的全面鉴定与定量。这一流程不仅提高了蛋白组学研究的灵敏度和通量，也为探索疾病机制、生物标志物发现、药物靶点筛选等领域提供了技术保障。

一、LC-MS/MS的基本原理与优势

1、什么是 LC-MS/MS？

LC-MS/MS 是液相色谱（Liquid Chromatography）与串联质谱（Tandem Mass Spectrometry）的组合系统，能高效分析复杂生物样本中的蛋白衍生肽段。在该系统中，液相色谱首先对肽段进行分离，降低样品复杂度；随后质谱系统通过电喷雾电离（ESI）将肽段转化为带电离子，并在一级质谱（MS1）中进行质量检测，再选择特定肽离子进行碎裂，进入二级质谱（MS2）分析其碎片离子，以此推测肽段序列，反推出对应的蛋白信息。

2、为什么LC-MS/MS是Bottom-Up的核心？

LC-MS/MS在Bottom-Up蛋白质组学中的地位不可替代，主要体现在以下几个方面：

（1）高灵敏度与广谱性：可在复杂背景中识别低丰度蛋白，特别适用于探索型研究和疾病机制解析。

（2）高分辨率分离能力：结合纳升级液相色谱和高分辨 Orbitrap 或 TOF 质谱，可实现肽段的精准定性与定量。

（3）支持多种定量策略：无论是标签定量（TMT、iTRAQ）还是无标记定量（LFQ、DIA），LC-MS/MS 均能兼容并提供稳定结果。

（4）兼容翻译后修饰检测：如磷酸化、乙酰化、泛素化等，借助相应富集技术，LC-MS/MS 可实现修饰位点级别的解析。

二、Bottom-Up蛋白质组学流程中的关键步骤

成功的蛋白质组分析始于高质量的蛋白提取。不同样本类型（如细胞、组织、血液）对提取条件有不同需求。百泰派克采用多种裂解方案（RIPA、SDS、尿素裂解等）以及高效的杂质清除流程（如乙醇沉淀、FASP），确保蛋白最大程度溶解并兼容后续质谱分析。BCA 或 Bradford 法用于精确定量，保证样本间一致性。

在Bottom-Up蛋白质组学流程中，蛋白需酶切为可被质谱识别的肽段。最常用的酶是胰蛋白酶（Trypsin），其特异性高、切割模式稳定。百泰派克通过精准控制酶与底物比例、反应时间与温度，优化酶切效率并减少非特异性切割，提高蛋白鉴定覆盖度。

酶切后的肽混合物中包含盐、去污剂等干扰成分，需经固相萃取（SPE）等手段纯化。随后，通过高性能液相色谱（HPLC）系统对肽段进行分离，为质谱检测创造有利条件。部分项目还可结合高 pH 反向分离实现肽段预分级，提升蛋白覆盖率。

百泰派克搭载多款高端质谱仪（如 Orbitrap Fusion Lumos、Q Exactive HF-X、timsTOF Pro），支持 DDA（数据依赖采集）、DIA（数据独立采集）、PRM 等多种采集模式。我们根据实验目标选择合适方案，实现精准定量和全面鉴定。

质谱数据经 MaxQuant、Proteome Discoverer、Spectronaut 等平台处理后，进行数据库比对、蛋白定性、定量及修饰识别。百泰派克提供定制化生信分析服务，包括差异分析、GO/KEGG 注释、PPI 网络构建、富集分析等，帮助用户深入理解蛋白表达变化背后的生物学意义。

三、应用场景：从基础研究到转化医学

（1）疾病机制研究：比较病理状态下的蛋白表达变化，挖掘潜在生物标志物

（2）药物作用机制解析：观察药物干预前后的蛋白网络变化

（3）植物和微生物蛋白组研究：适应复杂背景样本的高通量分析

（4）翻译后修饰研究：结合富集策略深入解析磷酸化、乙酰化等修饰模式

百泰派克生物科技提供标准化的Bottom-Up蛋白质组学服务，具备以下优势：

• 多种质谱平台选择（Orbitrap、TripleTOF、TIMS-TOF）
• 完整的样本到报告服务流程，适配多种研究需求
• 丰富的样本经验（人源、动物、微生物、植物）
• 严格的质控体系和专业的生信团队，保障数据质量与可解释性

LC-MS/MS 技术为 Bottom-Up 蛋白质组学注入强大动力，让我们能够更深入地理解生命系统的动态变化。百泰派克生物科技依托先进的质谱平台和成熟的前处理技术，致力于为科研人员提供高质量、可重复的Bottom-Up蛋白质组学解决方案。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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